Posiblemente su peculiar creación de una forma de psicoterapia es lo más polémico de toda la obra de Jodorowsky. La Psicomagia es una técnica creada y ejercida por Jodorowsky, que pretende servir de sanación espiritual. Si bien propone resolver conflictos psicológicos y hasta somáticos, no es una técnica científica ni es reproducible. El mismo Jodorowsky reconoce que no se sitúa “en el terreno científico”. De acuerdo con éste, hunde sus raíces en el chamanismo, el tarot, el psicoanálisis y el efecto patético del teatro. "Para mí la psicomagia es como una derivación de la poesía, del teatro... de todo lo que he hecho". Jodorowsky fundamenta su metodología en la premisa de que el inconsciente toma los actos simbólicos como si fuesen hechos reales, de manera que un acto mágico-simbólico-sagrado podría modificar el comportamiento del inconsciente, y por consiguiente, si estuviese bien aplicado, curar ciertos traumas psicológicos. Estos actos son "diseñados a medida" y se prescriben después de que el "psicomago" analice las peculiaridades personales del consultante, e incluso estudie su árbol genealógico. Para esto, Jodorowsky creó la psicogenealogía. Esta parte de la premisa de que determinados traumas y comportamientos inconscientes se transmiten de generación en generación, por lo que, para que un individuo tome consciencia de ellos y pueda desligarse de los mismos, es necesario que estudie y haga actos psicomágicos basados en su árbol genealógico y los patrones que existen en él.
